Богоявленский монастырь был восстановлен на рубеже XVI-XVII веков. Первоначально находился на территории кремля, в юго-западной части, где в настоящее время располагается парк, напротив Казанской церкви. В 1609 г. монастырь был разграблен и разрушен польскими войсками, захватившими город. При этом были убиты настоятельница игуменья Анастасия «с тридесятью пятью сестрами и с двумястами честных дев и жен множеством». В 1620-х гг. монастырь был восстановлен по распоряжению великой старицы инокини Марфы (Ксении Ивановны Шестовой, матери царя Михаила Феодоровича).
В 1661 г. при постройке новых крепостных стен кремля монастырь был выведен на посад, на Ростовскую дорогу, на землю, принадлежавшую ростовскому митрополиту Ионе Сысоевичу, где до Смутного времени, находилась церковь Святителя Иоанна Милостивого, Патриарха Александрийского. Так Богоявленский монастырь был размещен на современном месте.
На территории Богоявленского женского монастыря находится один собор и три храма:
Богоявленский Собор
Храм Фёдоровской иконы Божией Матери
Храм Смоленской иконы Божией Матери
Храм во имя Пресвятыя Богородицы «Достойно есть…»
За стенами монастыря находится:
